Osmanlı döneminden itibaren Cumhuriyet dönemi dahil Türkiye'de huzur içinde yaşayan Yahudiler, Kilis'te de küçük gruplar halinde 1958 yılına kadar varlığını sürdürdü. Sayıları çok az da olsa Yahudiler bu tarihe kadar, Kilis'te ibadethanelerini açtılar. 1958 yılında ise Yahudilerin İsrail ve ABD'ye göç etmesinin ardından, sinagogun kapıları kapandı.
Kilis'te, Sabah Pazarı'nda bulunan Muallak Camii ile yan yana olan Kilis Sinagogu, Yahudilerin 63 yıl önce Kilis'ten ayrılmalarından sonra ibadete kapatıldı. Yarım asırdan fazla bir dönemde atıl kalan ve harabeye dönen sinagogun içerisindeki odaların büyük bölümünün duvarları geçen süre içerisinde yıkıldı. Sadece bir yapıtın ortada kaldığı sinagogun tarihi ile ilgili bilgilerin bile unutulduğu bir dönemde Gaziantep Vakıflar Bölge Müdürlüğü tarafından 2 milyon 146 bin 941 TL'lik bedelle restore edildi.
