M.Ö. 1450'de Mısırlılar bölgeyi işgalleri altına almış, I. Tıglat Plaser'in krallığı döneminde Asurlular Akdeniz’e kadar sınırlarını genişletmişlerdir. Kentin adının o zamandan şimdiki Kilis'e isim olarak verildiği kabul edilebilir. Hititler dönemine ilişkin kalıntılara, taştan yapılma el değirmenlerine, bazalt taşlara, işlenmiş figürlere en çok yöredeki Telhabeş ve Ravanda köylerinde rastlanmaktadır.
Kilis yerleşim yeri Hristiyanlığın ilk çağında şimdiki yerinden 10 km. kadar güney-batıda bulunuyordu. Kuruluş tarihi bilinmiyor. Makedonyalı büyük İskender'in kurduğu veya o çağda Cyrrhus adıyla bilindiği sanılıyor. Cambridge Üniversitesi yayınlarından Dünya Tarihi adlı eserin Orta Çağa ilişkin cildinde (Medieval History, C: II), M. S. IV. yüzyılda büyük bir açık hava tiyatrosu ile 117 .000 nüfuslu, birçok yolların kavşağında bulunan Cyrrhus, şimdiki Kilis'in 10 km. kadar batısında gösterilmiştir.
Kilis doğası ve yerleşmeye elverişli coğrafyası nedeniyle tarihsel süreç içerisinde Kalkolitik Çağ’dan (M.Ö. 3500-3000) günümüze dek pek çok ırk ve kavme Babil, Hitit, Huri-Mitanni, Arami, Asur, Pers, Makedonya, Roma Bizans, Selçuklu, Memlûk/Kölemen, Osmanlı’ya ev sahipliği yapmıştır. M. Ö. 1200 tarihinde Hitit İmparatorluğu’nun yıkılmasından sonra önce Aramilerin (M. Ö. XIII. yüzyıl-VI. yüzyıl), M.Ö. 1100’de de Kral II. Tiglat-Pileser döneminde Asurların eline geçen yöre, önce Pers Kralı Daryüs’un batıya (M.Ö. 521-485), sonraki yıllarda da Makedonya Kralı Büyük İskender’in (M.Ö.336-323) doğuya yayılma politikaları çerçevesinde, bu uygarlıkların sınırları içerisinde kalmıştır.
Makedonya tahtına 20 yaşında oturan Büyük İskender, İran imparatorlarından intikam almaya ve Asya’nın sayısız hazinelerini ele geçirmeye karar vermiştir. Mezopotamya’dan ve Anadolu’dan gelen yolların kavşak noktasında bulunan İsus'ta (Şimdiki Ayas köyünün bulunduğu yerde), M. Ö. 333 tarihinde Daryüs’ün ordusuyla karşılaştı. Pers (İran) hükümdarı savaşta mağlup oldu, ailesini, hanedanını ve zengin hazinelerini muzaffer İskender ordusuna bırakarak Fırat nehrinin gerisine çekildi. Büyük İskender bugünkü İskenderun şehrini kurdu. Buradan doğuya ilerleyerek, Kiris'e geldi. (Büyük bir olasılıkla Kiris mevcuttu). Bu kente Makedonya'da aynı ismi taşıyan kentin adını vererek, buradan Mısır'a doğru yoluna devam etti.
İsus (Ayas) şehrinin ticareti zamanla İskenderun’a geçtiği için eski şehir harap olmuş ve unutulmuştur. İskender, Daryüs’ü takip edeceği yerde Suriye ve Finike sahilleri boyunca Mısır üzerine yürümüştür. Bir satraplık ile idare edilen Halep, hiçbir mukavemet göstermeden İskender’in üstün hâkimiyetini kabul etmiştir. Kilis de Halep’le beraber Büyük İskender’in idaresine geçmiştir. İskender’in egemenliğinden sonra Halep ve oraya bağlı yerler yeniden kalkınmış ve ümrana kavuşmuştur. Büyük İskender buralara Manon bazı kaynaklarda Barmanyon adıyla geçen umumî vali tayin etmişti. İskender’in bu topraklara hâkimiyeti on sene sürmüştü.
Kent merkezinin 5 km. kadar güneydoğusundaki Oylum Höyük’te sürdürülen arkeolojik kazı çalışması sonuçlarına göre, yörenin tarihi Geç Kalkolitik Çağa, M. Ö. III. bin yılından başlamaktadır. Yörenin İslam dönemini de içine alacak şekilde sürekli bir yerleşim yeri olarak varlığını koruduğu görülmektedir. Öte yandan Asur Kralı I. Tiglat-Pileser zamanında M. Ö. 1100 yılında Asur Krallığı'nın hâkimiyetine giren bölgede, bu kral dönemine ait Asur çivi yazısıyla yazılmış bir tablette geçen Ki-li-zi adı, Asur şehri Kilizi’nin yeri konusunda araştırmacılara bilgi vermektedir. Nitekim Martin Hartman eski Kilis’in bugünkü Kilis’in yerinde değil, kent merkezinin güneybatısında yer alan Tarzimehan mevkinde bulunabileceğini öne sürer.
Kilis antik kentinin bugünkü yerinden 12 km batıda Suriye sınırları içerisindeki Ürya Nebi denilen yerde olduğu ve “Chrhus” ismi verildiği sanılmaktadır. Selefiler döneminde ise Chrrhus (Kiris) Halep'ten daha önemliydi ve İskenderun Körfezi’nden Fırat Nehri’ne kadar uzanan Christik Eyaleti'nin merkezi idi. Bizans’ın doğu sınırını gösteren bazı haritalarda ve bugünkü Kilis’in bulunduğu yere “Ciliza” deniliyordu.
Evliya Çelebi'nin Gözüyle Kilis
Evliya Çelebi Seyahatnamesi’nde şehrin yüksek duvarlarla çevrili olduğunu, bunun Celâlî isyanlarının korkusundan kaynaklandığını, harap durumdaki kalesinin önünde hendek bulunmadığını belirtir. Surlarda “tedribe” adı verilen sekiz kapı vardır, bunlardan dördü kıbleye bakan tarafta, dördü doğuya bakan tarafta bulunmaktadır. Sekiz kapının adları: Büyük Tedribe, Küçük Tedribe, Ayn Tedribesi, Akharan Tedribesi, Alçak Tedribe, Çulha Tedribesi, Yusuf Çelebi Tedribesi’dir. Bu sekiz kapılı sur içinde beş mahalle, 4660 ev ve otuz camiden söz eden Çelebi, surun kapıları arasında bazı evlerin dirsek şeklinde ileriye doğru yapıldığını söylemektedir ki, bu ileriye doğru çıkıntı yapan evlerin birer kule fonksiyonu icra ederek savunma açısından kaleyi ve şehri güçlendirdiği tahmin edilmektedir. Evliya Çelebi’nin beş olarak verdiği mahalle sayısı III. Murad devrindeki mahalle sayısını aynen yansıtmakta, bu da yaklaşık yarım asırlık bir dönem içerisinde Kilis’in mahalle sayısında artış olmadığını göstermektedir.
Evliya Çelebi Seyahatnamesi’nde Kilis hakkında şunları söyler: “Kilis Şehri, Halep eyaletinde sancaktır. Fakat Valide Sultan Hass-ı Hümayunları'ndan yetmiş yük (yüz bin akçe bir yük) akçe ile iltizam olunur bir sancaktır ve beş yüz payesi ile sadaka olunur şerif bir kazadır. Sancak Bey’ine adalet üzere seksen bin kuruş hasıl olur. Kadısına yedi bin kuruş hasıl olur. Ve kalesi viran olmak ile dizdarı ve neferâtı ve şeyh-ül-islâmı ve nakib-ül-eşrâfı yoktur. Amma Celalî ve Cemalî ve Com Ekrad’ı havfinden bu Kilis şehrinin dört tarafı kale misal duvar-ı âlîlerdir. Lâkin çok yerleri kerpiç kalın duvardır. Ve dairen madar cirmi kâmil 7360 adımdır. Ve dört tarafında cümle sekiz kapıdır. Amma demir değildir. Evvela kıbleye nâzır Büyük Tedribe ve Küçük Tedribe ve Ayn Tedribesi ve Yusuf Çelebi Tedribesi ve Alçak Tedribe ve Çulha Tedribesi ve bu tedribeler arasında bazı evler dirsek kale kuleleri gibi ileri bina olunmuştur. Velâkin etrafında hendekleri yoktur. Eğer hendeği olsa bir metin kale olurdu.”
