Mesai arkadaşına yapılan haksızlıktan dolayı 1913 Mayıs'ında memuriyetten istifa ettiği gibi, aynı yılın sonlarında, fikrî ayrılık dolayısıyla İstanbul Darülfünunu’ndaki görevini de bırakmak durumunda kaldı. Bu arada, Sebîlü'r-reşâd adını alan mecmuası da, hükümetler tarafından birkaç kez kapatıldı. En son memuriyeti Umûr-i Baytariye Müdür Muâvinliğidir [1913]. 1914 başlarında, Mısır ve Medine’de iki aylık bir seyahat yaptı. 1914 sonbaharında, Harbiye Nezareti’nce istihbarat amacıyla kurulmuş olan Teşkilât-ı Mahsusa’nın görevlendirmesiyle Berlin’e giderek, İtilaf devletleri safında savaşıp esir düşen Müslüman askerlerin kamplarını ziyaretle, savaş sonrasında bağımsızlık yolunda faaliyete teşvik eden konuşmalar yaptı. Bu seyahatin ardından yine Teşkilât-ı Mahsusa'nın görevlendirmesiyle, 1915 Mayıs’ıyla Ekim’i arasında, teşkilat başkanı Kuşçubaşı Eşref idaresindeki bir heyetle, devlete sadık kabilelerin desteğinin devam ettirilmesini sağlamak amacıyla Necid bölgesiyle Medine'ye gitti. Bu seyahatlerindeki intiba ve ihtisaslarını uzun manzumelerle dile getirdi. 1918 ortalarında, Mekke Emîri Şerîf Ali Haydar Paşa’nın davetlisi olarak bir ay kadar Lübnan’da bulundu. Döndükten hemen sonra, Şeyhülislâmlık bünyesinde yer alan Dârü’l-Hikmeti’l-İslamiyye’nin başkâtipliğine, 1920 Ocak’ında da aslî üyeliğine getirildi. Ve yayın organı olan Cerîde-i İlmiye’nin idaresi de uhdesine verildi. Bu arada, Maarif Nezareti’nce İstanbul Dârülfünunu’nda oluşturulan Kâmûs-ı Arabî Heyeti üyeleri arasında da yer aldı. I. Dünya Savaşı sonrasındaki ağır mütareke şartları, yaşanan işgaller ve Yunanlıların İzmir’e asker çıkarması üzerine, Milli Mücadele hareketine katılmak için, 1920 Şubatında Balıkesir’e giderek Kuva-yı Milliyecilerle görüştü. Burada, Zağanos Paşa Camii’yle çeşitli yerlerde halkı birlik ve direnmeye çağıran vaaz ve konuşmalar yaptı. Balıkesir’den dönüşünde, işgal altında yaşadığı güçlük ve sansürlerle bunaldığı bir dönemde, Anadolu’dan gelen davet üzerine, 10 Nisan 1920’de, 12 yaşındaki oğlu Emin’i de yanına alarak gizlice yola çıktı. Ve yolda buluştuğu Ali Şükrü Bey’le Geyve’ye, oradan da, Büyük Millet Meclisi’nin açılışının ikinci günü olan 24 Nisan’da Ankara’ya vardı.
